南京审计学院的前身是南京市财贸学院，1985年更名为南京审计学院并划归审计署领导。学院一直重视科研工作，在老一辈学者程能润、易宏仁、周元良等教授的带领之下，涌现出一大批青年学者，经过他们的积极努力，在“七五”、“八五”十年期间，南京审计学院承担了省部级科研项目24个，发表论文884篇，出版专著、教材58部并获得省部级以上科研奖励20余项，其中李凤鸣、徐少锦两位教授的专著《内部控制学》和《科技伦理学》分别获得了1995年国家教委人文社会科学研究优秀成果二等奖。
  “九五”期间，学院党委对科学研究工作更为重视，明确提出“围绕教学搞科研、搞好科研促教学”的指导思想，坚持将科研为教学服务 摆在科研工作的首位。在保证教学质量稳定提高的前提下，积极鼓励广大教师围绕教学、审计事业的发展、江苏经济建设和社会发展搞科研，取得了显著的成绩。据统计，“九五”期间，学院的教师发表学术论文900余篇，出版著作100余部，投入科研经费82万元，教师参加各类学术会议131人次，获省部级以上奖励的优秀科研成果20余项，承担省部级科研项目25项，其中6项为江苏省哲学社会科学“九五”规划项目。由于在江苏省规划项目的结项率和优秀率方面成绩突出，我院获得了由江苏省委宣传部颁发的“九五”哲学社会科学规划项目“优质成果工程奖”和“优秀信誉工程”。学校曾洪波老师获得了江苏省哲学社会科学先进个人，学院科研处获得了99年度江苏省教育厅科研管理工作先进集体。
    “十五”以来学院科研工作进入快速发展阶段。首先，科研总量得到了很大提高。“十五”计划的第一年，我们在各类政府基金的申请中都取得了很好的成绩。其中，在江苏省“十五”规划开年项目的申请中，共获得1个重点项目、5个计划内项目和3个计划外共9个项目(张进博士的“资本市场与苏南乡政企业创新研究”课题被评为重点项目)，比“九五”规划整个五年计划(共六个项目)还多百分之五十。下半年张金城教授从国家教育部获批一项专项研究任务项目(电子商务信息管理系统控制与审计研究)，使学院在国家教育部的项目申请中，取得了零的突破。当年完成论文188篇，著作21部。同时，贾晓峰教授获得江苏省哲学社会科学先进个人。其次，科研成果质量有所提高。在重视科研量的改革上，科研质量的提高也提上了议事日程，今年所发表的论文有相当大的比例发表在《审计研究》、《统计研究》等重要的核心期刊上，人大复印资料转载数也有所提高。“十五”初期南京审计学院获得了7项省部级科研奖，其中江苏省人文社科奖3项(三等3项)，审计署优秀论文奖3项(二等1项、三等2项)南京市奖1项。另外还获得江苏省教育厅人文社科奖3项(二等奖1项、三等奖2项)。江苏省“十五”规划申报数为22项，命中9项，命中率达41％，目前各项目开局良好，并经社科规划办领导核查，给予了很高的评价。尤其值得一提的是胡宁生教授申报的国家社科基金项目“我国县、乡(镇)政权建设研究”获得了批准，使得学院的科研层次获得了提高。第三、科研奖励政策效果显著。2001年南京审计学院执行了新的科研奖励政策，广大教职工在科研的热情和自觉性方面空前高涨，对当年的科研工作进行了奖励，共发奖金32万余元，直接受益人达130余人(不含项目负责人自行发放的人员)，奖励工作取得了比较好的效果，大家对科研奖励政策给予了较好的认可。
    2002年下半年，南京金融高等专科学校并入南京审计学院，为新的南京审计学院注入了新的力量。从2002年下半年起，学院对各项科研政策进行了优化，强调了以专业为龙头，围绕学科建设，强化科研工作。2003年南京审计学院年度科研经费突破了百万元、在研科研项目超过一百项，其中有国家社会科学基金、江苏省“十五”社科规划基金，国家审计署项目、国家统计局项目、江苏省教育厅社科项目和自然科学项目、江苏省科技厅的软课题项目、国家教育部人文社科项目等等。